1998 年 , 学校为了加强全校计算机基础教学，颁发了“加强非计算机专业计算机基础教学”的文件（ 《重庆大学重校字 [1998] 第 254 号》），制定了“三层次、四门课程”的计算机基础教学课程体系，改革了传统的按专业设置实验室的模式，统一规划并 成立了计算机基础教学实验中心（以下简称中心），实行校院两级管理体制。

中心成立之初由计算机学院的计算机基础实验中心和自动化学院的计算机控制实验中心构成，学校投资 300 万元，建立了拥有 400 台高配置的计算机、面积约 600 平方米 的统一实验教学环境，分别设置了 3 个实验室，承担全校各学科专业的“计算机文化基础”、“计算机软件技术基础”、“计算机硬件技术基础”、“计算机信息管理基础”等四门课程的实验教学，仅 1998-1999 学年度就完成 222 个教学班、 226092 人机时的实验教学任务，为学校的计算机基础教学工作开了一个好头，实现了教学资源的优化和共享。

2000-2004 年 ，学校进行三校合并和机构改革，中心也随之完成了合校后的第一次整改。 随着计算机科学技术的发展，为了更好地满足教学需求，学校对计算机基础教学给予了高度重视，把计算机基础系列课程列为校十大重点建设课程，中心依照学校“强化基础训练、着力提高能力、实现综合培养”的实践教学改革思路，构建了培养学生的计算机基本操作能力、基本综合能力、基本应用能力的实践教学体系，中心制定了一系列规章制度，进一步完善了课程教学大纲和实验教学大纲。同时，学校投资 200 万元，实现了学校计算机实践教学资源的全面整合，中心的实验室扩大为 8 个，面积达 1800 平方米，并设置了面向全校的开放型实验室，为计算机基础教学提供了有力的支撑，也为其他专业设立的信息技术类的实验课程和重庆大学程序设计大赛以及其他学生 科技创新实践活动等 提供了实践锻炼的良好实验环境。

2005 年 -2006 年，按照学校的总体建设规划，中心的实验教学工作逐步移向虎溪校区，学校投资 600 万元 ，在虎溪校区建立了 D 区计算机基础实验教学分中心，下设 8 个实验室，配备有 900 多台计算机及完善的多媒体设备和网络设备。

2006年，被评为重庆市实验教学示范中心。

中心自成立以来，持续开展教学改革，不断更新设备和实验环境，已经拥有一批技术能力强、教学水平高、教学效果好、相对稳定的师资队伍，有相当数量的教师通过开发课件、编写教材、教学研讨提高了实验教学水平，建设的实验室管理规范、设备利用率和完好率高，建立和改革的课程体系以及设置的教学内容符合学校的本科培养目标，已全面纳入重庆大学本科专业人才培养计划。

中心全力支持实验技术人员在学位和职称上双晋升，积极选派青年教师进修和培训，鼓励中心人员广泛参加交流，促进青年骨干快速成长。建设实验中学专职实验教学团队，创新管理体制，将专职实验人员、教学岗专职教师、部分博士青年教师聚集起来，打造实验教学一体化。同时，在已有实验教学体系基础上构建覆盖“基础实验+综合设计实验+创新实践”多层次的实验教学体系，以人才培养为中心，特别是开展新工科人才培养和计算机系统能力的培养模式。